Váratlan események bolygatják fel Tokió lakóinak életét. Egy terrorista csoport jelenik meg a város területén belül, akik már felbukkanásukkor ellopnak egy igen veszélyes dolgot, ami lényegében egy atombomba. A dolog ráadása, hogy csupán két fiatal srác – akik a Nine, illetve a Twelve sorszámnevet viselik – alkotja ezt a csoportot, melyet Sphinxként ismer meg a világ. Különös s kissé furfangosnak tekinthető rejtvényeikkel teszik próbára a várost, azon belül is az azt védő rendi erőket. A rejtvények megoldása ugyanis az egyetlen kulcs a városon belül elrejtett bombák hatástalanítására. Legnagyobb segítsége ezen erőknek a történetben hamar szerepet kapó Shibazaki Kenjirou. S mégis, idővel rá kell jöjjünk, hogy mégsem egy szokványos terrorista csoporttal állunk szemben, hanem két olyan emberrel, akik tettei mögött komoly cél húzódik. Az események közepette válik fontos szereplővé Mishima Lisa is, aki a Sphinx cinkosává válik, illetve Five, aki sokkal inkább az őket üldöző erőkhöz sorolható.